Mặc dù sự sắp xếp ở cấu trúc trên được coi là "điển hình", nhưng trong thực tế các loài thực vật thể hiện sự biến đổi rộng trong cấu trúc hoa. Các biến đổi này có tầm quan trọng trong tiến hóa của thực vật hạt kín và được các nhà thực vật học tích cực sử dụng trong việc xác định và thiết lập các mối quan hệ giữa các loài thực vật.

Hoa loa kèn Christmas (Lilium longiflorum). 1. Đầu nhụy, 2. Vòi nhụy, 3. Nhị, 4. Chỉ nhị, 5. Cánh hoa

Bốn bộ phận chính của hoa nói chung được định nghĩa theo vị trí của chúng trên đế hoa, chứ không phải theo chức năng của chúng. Nhiều loài có hoa thiếu một số bộ phận hay các bộ phận có thể biến đổi thành các chức năng khác hoặc trông giống như bề ngoài điển hình của một bộ phận khác. Ở một số họ, như Ranunculaceae, các cánh hoa bị tiêu giảm nhiều và ở nhiều loài thì các lá đài có màu sắc sặc sỡ trông giống như các cánh hoa. Một số loài khác lại có các nhị hoa biến đổi trông giống như cánh hoa, các dạng hoa kép của hoa Trang (hoa Mẫu đơn nam) và Hoa hồng chủ yếu là các nhị dạng cánh[1].

Người ta sử dụng một số thuật ngữ chuyên biệt để mô tả hoa và các bộ phận của nó. Nhiều bộ phận của hoa hợp lại (dính liền) với nhau: các phần hợp lại từ cùng một vòng gọi là hợp trước, trong khi các phần hợp lại từ các vòng khác nhau gọi là hợp sinh (như nhị đính vào tràng), các phần không hợp lại gọi là rời hay tự do. Khi các cánh hoa hợp lại thành một ống hay một vòng thành một đơn vị duy nhất thì chúng được gọi là tràng hợp. Tràng hợp có thể chia thành phần gốc hình trụ gọi là ống, phần mở rộng là họng và phần tỏa ra phía ngoài là phiến. Tràng hợp đối xứng hai bên, chia thành một môi trên và một môi dưới, được gọi là tràng hai môi. Các hoa có tràng hợp hay đài hợp với hình dạng khác nhau, bao gồm các dạng như: hình chuông, hình phễu, hình ống, hình nhạc, hình đinh hay hình bánh xe.

Liên quan đến thuật ngữ "hoa hợp", đôi khi không chính xác bởi vì có thể có một số quá trình phát triển ở hoa không dính lại. Ví dụ, sự sinh trưởng của mô phân sinh lóng hoặc phần gốc của các bộ phận như đài hoa, cánh hoa, nhị hoa và lá noãn có thể tạo ra hoa hợp mà không phải là kết quả của sự dính liền hoàn toàn.[2][3][4]

Nhiều loài hoa có sự đối xứng, nếu như từ bất kỳ điểm nào mà bao hoa vẫn được chia đôi theo trục trung tâm thì các nửa đối xứng được tạo ra — khi đó được gọi là hoa đều hay đối xứng tỏa tròn (tỏa tia), như ở Hoa hồng (Rosa) hay cỏ Duyên linh (Trillium). Khi hoa được chia đôi và tạo ra chỉ một đường để có các nửa đối xứng thì được gọi là hoa không đều hay đối xứng hai bên, như hoa của hoa Mõm chó (Antirrhinum) hay phần lớn các loài Lan.

Các hoa có thể gắn trực tiếp vào cành cây tại phần gốc của chúng (hoa không cuống - phần cuống bị tiêu giảm mạnh hay không có). Phần thân hay cuống nâng đỡ một hoa gọi là cuống hoa. Nếu một cuống nâng đỡ cho nhiều hoa, thì các phần nối mỗi hoa với trục chính gọi là cuống nhỏ. Phần đỉnh của mỗi cuống hoa tạo thành một phần phồng lên gọi là đế hoa.

Hoa thức

Hoa thức là công thức thể hiện cấu trúc của một hoa bằng cách sử dụng các chữ cái, số và ký hiệu cụ thể. Thông thường, một hoa thức tổng quát được sử dụng để mô tả cấu trúc hoa của một họ thực vật thay vì của một loài cụ thể. Các ký hiệu sau được sử dụng:

Ca = calyx (nghĩa là đài hoa, vòng lá đài; như Ca5 = 5 lá đài)Co = corolla (nghĩa là tràng hoa, vòng cánh hoa; như Co3(x) = các cánh hoa là bội số nào đó của 3)Z = bổ sung nếu là đối xứng hai bên (như CoZ6 = đối xứng hai bên với 6 cánh hoa)A = androecium (bộ nhị, vòng chứa các nhị; như A∞ = nhiều nhị)G = gynoecium (bộ nhụy, vòng chứa các lá noãn; như G1 = đơn lá noãn)x: để thể hiện là một "số biến thiên"∞: nghĩa là "nhiều"

Ví dụ:

Ca5Co5A10 - ∞G1

Một vài ký hiệu bổ sung khác đôi khi cũng được sử dụng (cụ thể xem Key to Floral Formulas).

Cụm hoa

Hoa của Loa kèn sông Nin (Zantedeschia aethiopica) không phải là một bông hoa riêng lẻ. Trên thực tế nó là một cụm hoa gồm nhiều hoa nhỏ ép sát cùng nhau trên một trục trung tâm, được bao quanh bằng một lá bắc (lá mo) lớn trông giống như cánh hoa.

Ở những loài có nhiều hoa trên một trục, thì tập hợp các hoa này gọi là cụm hoa (hoa tự). Một số cụm hoa bao gồm nhiều hoa nhỏ sắp xếp thành một hệ trông giống như một hoa đơn độc. Ví dụ phổ biến nhất là phần lớn các loài trong họ Asteraceae. Chẳng hạn, một "hoa" dễ thấy của Sồ cúc (Bellis perennis) hay Hướng dương (Helianthus annuus) thực ra không phải là một hoa thật sự mà là một cụm hoa đầu — một cụm bao gồm rất nhiều hoa (hoa chét).

Một cụm hoa có thể bao gồm các phần thân chuyên biệt và các lá biến đổi gọi là lá bắc.